多肽和蛋白质是有区别的，在结构、功能、内涵上都不一样。具体区别如下:

1.结构差异:

多肽没有空间结构，而蛋白质有一定的空间结构。多肽是指由多个α-氨基酸通过肽键连接在一起形成的化合物，是蛋白质水解的中间产物。两个氨基酸脱水缩合形成的化合物称为二肽，等等。通常将10~100个氨基酸分子脱水缩合形成的复合物称为多肽，没有空间结构。蛋白质是指α-氨基酸按照一定的顺序排列组合而成的多肽链，然后一条或多条多肽链以特定的方式结合，形成具有一定空间结构的高分子物质。

2.功能差异:

多肽一部分有生物活性，一部分没有生物活性；蛋白质具有生物活性。

3.内涵不同:

多肽一般强调线性序列，即一级结构；蛋白质一般强调三维空间结构，即蛋白质有二级结构、三级结构和四级结构。